Pravidelná výuka v dnešní budově gymnázia začala dnem 3. září 1956, kdy byla ukončena novostavba školy v Olomouci – Hejčíně na Tomkově ulici. Začala v učebnách, kterým ještě hodně chybělo k dokonalosti. Také na úpravě okolí školy se ještě dlouho podíleli první učitelé a studenti.
Ve školním roce 1956/1957 byla škola jedenáctiletkou s 26 třídami, 925 žáky a 44 pedagogy. V čele školy stál její zakladatel Bohuslav Hajzner. Na škole tehdy působila řada legend olomouckého středního školství, jako Leopold Kubeš, Mojmír Nohel, František Čech st., Metoděj Zajíc a další. V té době již vznikala pověst Gymnázia Olomouc – Hejčín. Solidní, ale velmi náročné střední školy.
Od roku 1960 byla škola společnou ZDŠ (základní devítiletá škola) a tříletou SVVŠ (střední všeobecně vzdělávací škola). Měla 32 tříd, 1140 žáků a 54 pedagogů.
Ve školním roce 1963/1964 se gymnázium stalo samostatnou školou III. stupně po sloučení se SVVŠ v Olomouci – Starých Hodolanech.
SVVŠ končila rokem 1969 zavedením čtyřletého gymnázia. Novým ředitelem školy byl jmenován Věroslav Dosedla. Po jeho odchodu do funkce místopředsedy ONV byl ředitelem školy jmenován dosavadní zástupce ředitele PhDr. Václav Kolčava. Ten vedl školu až do svého odchodu do důchodu v roce 1988, kdy jej vystřídal RNDr. Milan Krček.
Od roku 1990 byl ředitelem školy jmenován PhDr. Milan Just. V té době se čtyřleté gymnázium rozšířilo o dva nové typy studia. Ve školním roce 1991/1992 bylo zahájeno pětileté (později šestileté) bilingvní studium (česko anglické) a sedmileté (později osmileté) studium pro žáky z 5. tříd ZŠ. Nedostatečná kapacita byla řešena umístěním některých tříd na ZŠ v Olomouci a koupením a opravením budovy na Dolní Hejčínské 8 (nyní označeno jako budova C). V roce 1997 byla dokončena přístavba s kmenovými učebnami, odbornými učebnami a tělocvičnami (nyní označeno jako budova B)
V roce 2003 odešel PhDr. Milan Just do důchodu. Od 1. září 2003 byl jmenován ředitelem školy RNDr. Evžen Mayer, vítěz konkurzu na místo ředitele. V tomto čase měla škola 36 tříd s cca 1121 žáky a 85 učiteli. Pokračováním v nastoupeném trendu solidnosti a náročnosti získalo Gymnázium Olomouc – Hejčín pověst prestižní školy v regionu. O tom také svědčí velký zájem žáků o studium na této škole, který i v obdobích poklesu populační křivky stále značně přesahuje kapacitu školy.
V září roku 2009 byla dokončena výstavba nové školní kuchyně s jídelnou. Rozsáhlé pozemky a všechny budovy jsou plně ve vlastnictví zřizovatele. Dobré materiální podmínky ve spojení s kvalitním výchovně vzdělávacím procesem dávají škole punc „rodinného stříbra“ zřizovatele, Olomouckého kraje.
Od 1. září 2015 byl jmenován ředitelem školy PhDr. Karel Goš, vítěz konkurzu na místo ředitele. V současné době má škola 33 tříd, přibližně tisíc žáků a 89 pedagogů. 1. 7. 2016 byla dokončena generační obměna vedení školy. Vedení se snaží, aby se gymnázium stalo moderní, otevřenou školou, která plní nejen výchovně-vzdělávací činnost, ale dává žákům prostor pro seberealizaci.
Olomouc 1. 7. 2019